Aggiungi le parentesi quadre al nome della checkbox in maniera che possa contenere più valori.
<input type="checkbox" name="num[]" value=1></p>
<input type="checkbox" name="num[]" value=2></p>

Nella pagina che riceve i dati tramite implode concateni i valori passati e poi esegui la query che cancellerà tutti i record selezionati.
$cancella = implode(',',$_POST['num']);

delete from tabella where num in ('$cancella');