se crea le tabelle ed il contenuto non e' un problema di mysql .

Se hai problemi con gli utenti (mysql.user presumo) il problema potrebbe essere che hai copiato le tabelle e non hai fatto il backup / restore, le tabelle hanno una struttora leggermente diversa. Oppure , piu' facilmente, se il php funziona e il pannello di amministrazione no, potrebbe essere il CLIENT usato dal pannello di amministrazione che non e' aggiornato alla versione richiesta da mysql 5.

Vedi a questo proposito la pillola di Marketto su old-client (nelle pillole).