non sei chiarissimo
se il contenuto del file rispetta la sintassi javascript mi sembra che l' estensione del file non sia cosi' importante
puo' essere anche html

quello che non capisco e se si stia parlando di inclusione sincrona (runtime, come un qualsiasi script esterno incluso nella pagina) o asincrona, in risposta ad operazioni eseguite dall' utente e senza ricaricare la pagina

l' innerHTML in entrambi i casi funziona, sempre ammettendoche quanto iniettato (e dove) sia plausibile a livello di (x)html