ciao non ho mai usato i JLayeredPane ma al momento mi viene in mente questo!

public class MioLayeredPane extends JLayeredPane{

//qui ci metti tutto cio che ti serve

public MioLayeredPane(){}//costruttore

public void paintComponent(Graphics g){

super.paintComponent(g);
g.drawLine(/*imposti le coordinate*/, null);
}
}

non so se ti può essere utile cmq prova!!! io l'ho scritto al volo qui nn l'ho provato

ciau