ma non c'è bisogno dell'MD5...

sotto Linux c'è diff, bdif, cmp, comm, dircmp, kdiff, ecc... percui non c'è manco il problema "quale programmo uso"... lo fai da linea di comando

sotto Windows se vuoi puoi usare WinMerge... niente di più semplice
http://winmerge.sourceforge.net/