Per eseguire il file php da riga di comando basta eseguire il seguente comando:

php /percorso_file/test.php

Per eseguirlo ogni tot: crei un file nel quale scrivi il comando di cui sopra preceduto dalla riga #! /bin/bash, lo rendi eseguibile (chmod +x) e usi le crontab per eseguirlo in automatico ogni quanto vuoi tu.
Nel forum c'è una pillola sulle crontab.