Forse dovresti spiegare meglio i contorni.
Quale sistema operativo sul tuo server?
Si tratta di uno script avvaito da linea di comando o di un CGI?

Hai gia` visto le funzioni/comandi system, eval, `` (backquote)? Magari puoi risolvere con un comando al sistema operativo.
Nel senso che io farei:
system('mv oldpath/file newpath');