Perchè dipende dal browser: ogni dispositivo si comporta in modo diverso.
Se ci pensi, l'apertura diretta è il comportamento più naturale. Prendiamo questo esempio:
Quel documento PDF rappresenta in tutto e per tutto un 'nodo' del mio percorso di approfondimento. Se invece volessi salvarlo, per leggerlo magari successivamente, basterebbe usare il solito gioco del 'tasto destro > salva' sul testo del link.codice:Per ulteriori informazioni consultare il regolamento. </p>
Se vuoi essere sicuro che al click appaia la finestra 'apri o salva', allora credo che il metodo più utilizzato sia quello di zippare il file, e linkare proprio al pacchetto zippato.
Se fai una ricerca sul forum troverai un sacco di altre discussioni che affrontano l'argomento.