Prima di decidermi a rifare la macchina, a causa di un crash di sistema mi sono trovato in una situazione simile alla tua. File persi e tabelle inaccessibili. Tra l'altro, da phpmyadmin non potevo nemmeno vedere la lista delle tabelle per intero (e ne avevo parecchie, visto che nello stesso database mi giravano forum, coppermine e phplist) perché quando incontrava quelle sputtanate mi dava un errore e interrompeva il caricamento delle restanti. Dulcis in fundo, non ero chiaramente in grado di riparare (cancellare) per intero le tabelle sputtanate da phpmyadmin (e relativi file). Ho risolto da linea di comando, buttando via tutto e ripristinando il database da back-up. Secondo me, il loro disco ha fatto cilecca.