Il fatto che height="100%" funziona solo con explorer ti costringe a mettere un'altezza in valore assoluto, non percentuale...
Cmq se vuoi il mio consiglio, ti conviene eliminare i frame e utilizzare dei div con overflow: auto; e per includere delle pagine esterne utilizzare o il php con include o l'asp (andrei sulla prima). Puoi anche utilizzare il tag object ma non ho idea se funzioni con tutti i browser...