Credo di aver capito...la struttura potrebbe anche andar bene (io avrei usato una classe ma è lo stesso) per lo scopo, quindi il problema è nel modo in cui la usi.
Senza codice direi che il problema sta nella gestione della lista nodi collegati, non è che puoi estrarre tale parte dal tuo codice e postarla ?



PS: credo di aver capito che il blocco tre va a definire i pesi dei vertici collegati, il blocco 2 invece indica i vertici collegati.

PS: per i vertici collegati (dato che il numero lo conosci prima di leggerli) avrei usato un array invece che una lista per risparmiare il puntatore al successivo; ovviamente se il numero non varia nel tempo...