I documenti li puoi generare come files PDF prodotti dal PHP (ci sono diverse ottime classi, anche open source, per generare PDF con PHP). Ovviamente hai bisogno di qualcuno che digiti/scannerizzi il testo della lettera o del fax e lo inserisca in un modulo di "inserimento fax". Così puoi fare ricerche, visualizzazioni, stampe e quant'altro, mantenendo sempre un'alta pulizia del documento viste le potenzialità del formato PDF.

Una buona classe open source è questa: http://www.fpdf.org/