Grazie Perzem,
ti ringrazio e vorrei chiederti di risolvermi altri dubbi.
Ho creato l'intestazione,che è un array di string di dimensione nota da un parametro Col precedentemente calcolato,quindi

codice:
string[] Intestazione=new string[Col];
Per quanto riguarda il codice dell'oggetto riguardante la generica riga,anche qui numberOfNumericColumns mi dà la cardinalità del vettore,quindi


codice:
public String processMyFile() throws IOException {
    	BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(myFile.getInputStream())); 
            String line = null; 
            while ((line = br.readLine()) != null) {
            line = line.replace (',', '.'); 
            row++;
            StringTokenizer st = new StringTokenizer(line); 
            // Assuming that the first column of every row is a String and 
            //the remaining columns  are numbers, count the number of numeric columns. 
            numberOfNumericColumns = (st.countTokens()-1);
            col=(numberOfNumericColumns+1);
            
            Intestazione string[]=new string[col];
            public class riga{
            	String geneid;
            	values double[]=null; 
            }
            public Riga(String idGene,double[numberOfNumericColumns] x ) {
                this.geneid=idPr;
                
            }
        }
  }
Ora dichiaro un contenitore di tipo arraylist di riga e lo chiamo righe.

codice:
private ArrayList righe= new ArrayList();
e con vari add dovrei caricare tutte le righe del txt (dalla seconda in poi,escludendo la prima che è l'intestazione)


Va bene questa definizione?E' chiaro che poi devo definire i metodi di get e set....

Quello che voglio chiederti è come devo fare per popolare l'arraylist a partire dal mio txt e in particolare dal buffered reader br dichiarato nel mio programma?
Ti ringrazio in anticipo