sicuro sia quello il motivo? l' onresize gioca brutti scherzi su vari browser...
cmq, se fosse quello prova a settare una variabile globale e a cambiarne il valore dopo il primo resize
codice:
var only1=true;
function resize1(){
  if(only1){
        only1=false;
	var wn = document.getElementById('Applicazione');
	wn.style.height=wn.document.body.scrollHeight;
        setTimeout('only1=true',1000);
  }
}
ciao