sicuro sia quello il motivo? l' onresize gioca brutti scherzi su vari browser...
cmq, se fosse quello prova a settare una variabile globale e a cambiarne il valore dopo il primo resize
ciaocodice:var only1=true; function resize1(){ if(only1){ only1=false; var wn = document.getElementById('Applicazione'); wn.style.height=wn.document.body.scrollHeight; setTimeout('only1=true',1000); } }