premesso che non so se la cosa si possa attribuire alle sessioni, nel codice vedo numerose cosette:


innanzitutto.. come fai a distruggere una sessione se ancora non hai chiamato session_start() ????

in secundis session_destroy è deprecato.. limitati a svuotare l'array di sessione quando serve:
$_SESSION = array();

questo va così:
$_SESSION["run_mode"]= ($_REQUEST["debug"]=="fd") ?"debug":"0";

infine è bene usare sempre <?php e non <?