L'argoritmo MD5 è uno dei tanti algoritmi di hashing. L'hash lo puoi considerare come una specie di firma di pochi byte dei dati in ingresso. Dall'hash non puoi tornare indietro. Per questo motivo le funzioni di hashing vengono chiamate anche one-way functions.
Anche le password di autenticazione nei sistemi sono spesso memorizzati sotto forma di MD5.
Nel tuo caso quando lo trovi associato al file serve come verifica che il file che hai scaricato non sia corrotto o fasullo. La modifica di un solo bit nei dati di partenza genera un hash completamente diverso.

Tutto questo detto molto molto in breve.

http://en.wikipedia.org/wiki/MD5