Con il metodo che ti ho detto non è il programma che elimina i file ma direttamente il sistema operativo... quindi non devi aspettare il caricamento di nessun programma.
Ripeto il modo migliore di operare è questo.

In ogni caso... Per lanciare uno script allo shutdown o al logoff puoi usare le group policies (Se hai windows xp pro o windows 2000)
Start->Esegui->gpedit.msc
Configurazione Computer->Impostazioni di Windows->Script(Avvio/Arresto)
Qui imposti lo script che vuoi eseguire.

Con Windows xp home non credo si possa fare... Non so se aggiungendo le opportune voci di registro si possa ovviare, ma non penso. Pronto ad essere smentito.