myisam e innodb hanno nulla a che vedere con il sistema operativo. Sono due dei svariati "engines" di cui dispone mysql. Se fai un dump significa che ti porti dietro anche il CREATE TABLE che sara' quindi congruente con i dati trasportati.

Piuttosto verifica le due versioni di mysql. Qui si che potresti trovare una incompatibilita' di versioni se non esegui un corretto dump per il server mysql che eseguira' il restore.