Veramente non serve alcun input che non possa essere passato via parametro.

Se chiedi l'help in linea (DOS) con

format /?

Ti escono quelli di uso generale (incluso smontaggio del volume per dischi in uso e formattazione rapida), quello che non ti viene mostrato è /Y che serve ad eseguire la formattazione senza conferma.

Per esempio, un semplice programmino che formatti un disco potrebbe essere qualcosa del genere

codice:
public class diskOp {
  public static void formatta(String parameters) {
    try {
      Process p = Runtime.getRuntime().exec("cmd /k start format "+parameters);
    }
    catch (Exception e) {
      e.printStackTrace();
    }
  }
  
  public static void main (String args[]) {
    formatta("a: /Q /Y");
  }
}
Gira su Windows XP (almeno).