ma secondo te e' giusto come uso l'array? perche intanto che scrivevi ho provato cosi
finestraActive.push(window.open("popActiveMulti.ph p",ident,param));

e ciclando sull'array usando la i del ciclo come indice si chiudono in effetti....pero' ho errori da altre parti...io alle finestre voglio riferirmi cosi ...se possibile
finestraActive[ID_0000_0_0101];

che dici?