mi sto ponendo il medesimo quesito. i framework sono moltissimi, decidere non è semplice.
se da una parte prototype è molto ben fatta ed elegante, non mi pare una buona idea estendere l'oggetto array del linguaggio, vorrei adottare una libreria di base che non vada in conflitto con eventuali altre da integrare in un secondo momento.
sono rimasto abbastanza deluso del decanato suppoto di cakePhp per ajax su prototype...poca roba. finora la soluzione più kiss che ho trovato è xajax in associazione con una mia routine wrapper su XMLHttpRequest. come metodi di serializazione trovo molto comodo la serialize() di php.
personalmente ritengo che js sia un linguaggio piuttosto complesso e sottovalutato, + complesso di php4. la libreria di base deve includere solo il minimo indispensabile e rimanere del tutto compatibile con il resto del mondo.
ciao