basta che ti dichiari 2 puntatori a FILE ad esempio

FILE* fp1;
FILE* fp2;

fp1=fopen("1.txt","r");
fp2=fopen("2.txt,"r");


quando vorrai lggere si 1.txt farai una fscanf su 1.txt fari fscanf(fp1,"%d",&pippo)//legge un intero e lo mette in pippo, discorso analogo per 2.txt