Asp un sec, mi sembra che sia case sensitive, scrivi RSA/NONE/PKCS1Padding

Cmq per cambiare padding si intende cambiare la stringa che usi per inizializzare il Cipher o la classe che usi.
Sulla doc java ho visto che c'è il supporto PKCS5Padding, mettilo al posto del PKCS1Padding per vedere se funzia.
Per il bouncy castle si intende un provider crittografico di terzi da installare nella JVM, è un jar da mettere in lib/ext di tutti i jre e da registrare sul java.security.

Cmq se funziona sulle macyine unix controlla lo loro configurazione per vedere cosa manca in win. E' probabile che non tutte i file siano sistemati(su google ci sono parecchie guide su come installare, alcune mie , magari posto dopo)