Ciao,
Credo di si, se non ricordo male è qualcosa del genere:

<input type="submit" value="Invia" onclick="open('popup.html'); return true;"/>

In poche parole fai eseguire il javascript per il popup ( open(...); ) e poi devi restituire true se vuoi che la submit invii i dati.
Spero d'esserti stato d'aiuto.

Ciao
Akito