Ciao,
il problema è antipatico, si è vero puoi dargli la possibilità di scaricare in locale una copia del documento, salvarla in locale e poi farla riuplodare dopo la modifica (sperando che nessuno nel frattempo stia facendo la stessa cosa).
Facciamo finta che non siamo interessari alle problematiche sulla sicurezza perchè è una intranet con bravi utenti.
E' scomodissimo, è più facile risolvere il problema con \\server\dir\file con i permessi adeguati (naturalmente non serve php ma un amministratore di rete).

Alternativa è salvare i documenti nel db, cosa usa mssql / mysql?
Se usi mssql poi utilizzare il fulltext (con filtri opportuni) e fare ricerche all'interno di documenti msword memorizzati in mssql.
Dove è la fattura di tizio, è nel record 2332. Quanti documenti contengono e con quale rank la parola "non saldato"?