Il mezzo con il quale l'utente interagisce e' la pagina web... ma questa gli giunge solo quando il server ha terminato di eseguire lo script (che genera la stessa pagina).

Devi separare le varie fasi... per esempio:

l'utente compila una maschera ed invia una richiesta al server (script + pagina di risposta);

il server elabora i dati ricevuti, li memorizza da qualche parte ( ) ed invia una pagina con la richiesta di conferma;

l'utente conferma ( o no ) ed invia la risposta al server;

il server elabora la risposta, eventualmente esegue la query precedentemente salvata, ed invia un'altra pagina;
... ... ...

ciao