Quella che vuoi fare tu è uno Splash Screen e c'è già codice pronto in rete.

http://www.javaworld.com/javaworld/j...avatip104.html

Per quant riguarda il problema del focus, penso non ci sia una facile soluzione (anzi probabilmente allo stato attuale non c'è).

Potresti semplicemente non mostrare la finestra dell'applicazione sottostante fin quando lo splash screen non sia stato chiuso, oppure con una JDialog interecettare l'event iconified e attaccarci un setVisible(false)