Provo a dare la soluzione

int vertici[]={0,2,4};

//ti allochi quindi una matrice con la malloc 3*3
quindi
int** matrice=malloc(sizeof(int*)*n);

for(i=0;i<n<i++)
matrice[i]=malloc(sizeof(int)*n);


for(i=0;i<n;i++)
{
for(j=0;j<n;j++)
{
matrice[i][j]=MATRICEORIGINALE[vartice[i]] [vertice[j]];
}
}
penso che funzioni provala