I browser piu` conformi hanno di default alcuni blocchi che vanno definiti:
html
body
Nel tuo caso hai definito alcuni parametri per body, ma non per html (che in pratica corrisponde alla finestra), per cui il 100% del tuo body si riferisce ad un blocco la cui altezza non e` definita.

Per far andare a posto il tutto anche con IE (che rimane purtroppo il browser piu` diffuso), conviene:
codice:
html {
  height: 100%;
  width:100%;
  font-size: 100%;
}
body {
	height:100%;
	width:100%;
	text-align: center;           /* serve per centrare il container in IE */
	background-color:#C2C2C2;
}
.container{
	height:100%;
	position:relative;
	bottom:0;
	top:0;
	width:794px;
	text-align: left;
	margin: 0 auto;   /* per centrare nei browser standard */
}