se non ho capito male vuoi che l'utente root faccia qualcosa ad un determinato orario?
se è cosi puoi semplificarti la vita con CronniX con il quale indichi cosa fare, chiaramente lo script te lo fai da te.
Ti faccio un esempio con quel tool ho settato che alle 24:00 di ogni giorno un server esegue una verifica completa dello status delle connessioni ftp aperte e quelle non funzionanti le 'sega', le altre le lascia aperte, inoltre gli faccio lanciare altri script che poi girano in php ma il linguaggio non è importante