innanzitutto dipende che oggetto devi clonare...

Se provi a clonare un oggetto incluso nei pacchetti standard del JDK è più veloce nel clonarsi perchè richiama codice nativo della macchina...

Se infatti vai a vedere tra i sorgenti di java vedi che il metodo clone() ad esempio del Calendar richiama una metodo nativo...

Se invece la classe è nuova, stà a te implementarti il metodo clone, che probabilmente sarà un new Classe...

Questo è il mio piccolo sapere, ciao.