Forse sarebbe il caso di fare a meno di Skype per altre ragioni, ma comunque su Linux lo puoi utilizzare senza problemi. Io l'ho usato per diversi mesi su Debian e Mandriva senza grossi problemi, poi sono passato a programmi seri (Skypho).

L'importante è configurare bene le impostazioni audio: sul forum di Skype ci sono indicazioni precise su come fare per Linux, devi impostare il driver sonoro (oss funziona meglio di alsa) e alcune cose tipo il full duplex. DI più non ricordo, se vai sul loro forum comunque trovi tutto.

.a.