Sei stato poco chiaro.

Negli script php puoi includere file presenti ina ltre cartelle.
esempio.

/pagina1.php (pagina nella root)
Codice PHP:
//include un file della cartella menu

include('menu/file.php'); 

/script/pagina2.php (pagina nella cartella script)
Codice PHP:
//nclude un file della cartella menu

include('../menu/file.php');