Ciao,
il fatto di usare i pixel per i font non è sbagliato ma è sconsigliato, il motivo a semplice, se il font è settato troppo piccolo, un certo tipo di utenza usa ingrandire il font tramite le opzioni del browser e se il font è settato in pixel, ciò non è possibile.
Se si usa em o % è meglio. (Personalmente uso font con %)
Per sviluppare un sito con questa caratteristica, conviene col provare a settare le grandezze delle font piccole e impostare il browser con caratteri piccoli. Poi, un passo per volta, si ingrandisce il font (sempre tramite il browser) e si vede quali punti del sito vanno a "farsi benedire", si correggono e si passa alla grandezza successiva.
Principalmente il problema + frequente è quando si usa una immagine di sfondo che ovviamente non si ridimensiona in funzione del testo. Ci sono due possibili soluzioni: o si usa una immagine ripetuta oppure si fissa il font dando una dimensione fissa in pixel che abbia un valore tale da non essere troppo piccola o troppo grande.

Nota tecnica: Il % nei font è in funzione della dimensione del font ereditato ! Per ulteriori informazioni leggi i documenti ufficiali dei CSS del W3C.

Ciao
AKITO