premetto che non conosco se la classe Vector se sia Java o definita da te.. cmq
da quanto ho capito dovresti clonare uno per uno tutti gli elementi contenuti nel vector:
prima ti cloni il vector "primario" come hai fatto, poi ci inserisci (tipo con una add) la clone di ciascun elemento del vecchio vector (nuovoVector.add(vecchioVector.clone()).

spero di esserti stato di qualche aiuto!