Dipende su quale piattaforma lavori. Se sei su *nix ovviamente il bash.
Su sistemi windows esiste il batch (molto limitato e [IMHO] quasi inutile) o il vb script.
Optando per una scelta più funzionale e portabile potresti anche pensare di utilizzare linguaggi interpretati et simila: python, perl, ruby, [...]. Decisamente più potenti...
Fossi in te opterei per quest'ultima scelta.

Saluti.