Non ho capito molto bene il tuo problema, però, se ti può essere utile, ti posto lo script che uso io per la rotazione dei banner.
Ovunque lo inserisco funziona egregiamente. Se proprio vuoi dargli una posizione fissa comunque ti consiglio di usare i fogli di stile e creare un layer:

<script language="Javascript">
<!--
function rnd_immagine(){
var now =new Date();
var secondi = now.getSeconds();
rnd_numero = Math.floor(secondi/10); //qui il parametro (60/10=6 immagini)
document.write('<div align="center">[img]img/banner/banner' + rnd_numero +'.gif[/img]</div>');
}
//-->
</script>
è abbastanza intuitivo, questo è "regolato" per 6 immagini posizionate sotto img/banner/

Spero di esserti stato utile.
Ciao