il crash del sistema aggiungendo una scheda madre nuova è quasi inevitabile, proprio perchè l'architettura del calcolatore cambia in modo drastico.
Qualche consiglio:
disinstalla tutti i driver della scheda madre (per esempio gli NForce), scheda audio se è integrata, e una volta fatta la sostituzione della scheda avvia windows da cd e fai un ripristino del sistema.

Comunque la formattazione rimane la soluzione migliore.