gestire l'ftp di IIS è un mezzo (ma anche intero ) casino io ti consiglierei di usare un filezilla server che in 5 min te lo installi e configuri, se proprio vuoi usare iis preparati ad un bel calvario...

Gli utenti che hanno i permessi di accesso alle cartelle sono gli utenti di sistema (quelli che crei dalla gestione pc per intenderci)...

avevo in giro anche una guida su come fare per differenziare i permessi sulle cartelle etc etc...se la trovo te la metto online (ma fidati, per test usa un server ftp alternativo)