LE cose sulla formattazione che ti hanno raccontato non sono vere.
CMQ...

Se tu attacchi i due HD al computer, il bios è configurato per "leggere" prima uno dei due dischi.
Io ti consiglio di fare così:
1) attacchi i due hd
2) dal bios dici al sistema di fare il boot dal disco dove hai linux
3) avvii linux e prova a fare un "sudo dpkg-reconfigure grub" per vedere se viene aggiornato il bootloader
3a) se la precedente operazione non serve, modifichi a mano da linux il file /boot/grub/menu.lst e aggiungi una riga per aggiungere windows alle voci di avvio.

Sergej

PS: i due OS si "vedranno" nella misura in cui da linux monti le partizioni di windows dell'altro disco.