la cosa più veloce che puoi fare è:

codice:
rmdir /S /Q cartella
mkdir cartella
Così facendo cancelli e ricrei la radice subito dopo.

"cartella" è il pecorso assouluto della cartella.
Attenzione che l'opzione /Q fa si che non ti venga richiesta la conferma. Se sbagli radice il comando è pesantemente distruttivo.