Per non avere problemi ti conviene montare la partizione ntfs in sola lettura (tanto poi devi formattare tutto l'hd, se ho ben capito).
Io sotto Ubuntu in fstab mettevo questo(copiato dall'fstab di una mandriva):

/dev/sda1 /mnt/win ntfs -o umask=0222

Dovrebbe andare bene.