E' una "feature" di IE. E' conseguenza di come disegna la pagina.. francamente non ho mai capito perchè si comporta così, e non ho mai trovato in rete una spiegazione plausibile.

Il mio consiglio è evitare, se possibile, di far finire un div sopra una combo. Se proprio ti serve li, c'è un workaround che sfrutta un'altra "feature" (o bug) di IE: mettici prima un iframe grande quanto il div, con src="javascript:;". Poi mettici sopra il div, e a questo punto il tutto dovrebbe coprire le combo.