Non è che andando a mettere le mani nel httpd.conf Zend abbia commentato l'utilizzo dei moduli Apache necessari per l'autentificazione?

Adesso non ricordo chiaramente quali siano ma parlo delle righe "AddModule mod_auth.c" e compagnia, se hai fatto una copia del file di config di apache prima di installare Zend puoi confrontarli per trovare le differenze e con un po' di fortuna togliendo qualche # riesci a rimettere tutto a posto