normalmente cgi-bin è una cartella il cui indirizzo è in una direttiva che potrebbe essere tipo:

<Directory /var/www/cgi-bin>
AllowOverride All
Options ExecCGI
<IfModule mod_access.c>
Order allow,deny
Allow from all
</IfModule>
</Directory>

se vuoi inserire un alias devi indicare

ScriptAlias /cgi-bin/ /var/www/cgi-bin/

normalmente hai tutto preinstallato e non dovresti fare nulla, solo inserire i tuoi script nella cartella indicata.

ciao
sergio