Ho risolto!

IE in alcuni casi posiziona i bordi esternamente al proprio contenitore (div, tabella, etc..)

Quindi se in una tabella definisco un'altezza di 30 px per le celle (td) e aggiungo il bordo di 1 px, per IE la cella è alta 31 px mentre mozilla e firefox includono i bordi all'interno delle celle.

Tornando alla questione principale, avevo 2 tabelle in due div da allineare. La prima 'fissa' a sinistra aveva i bordi per ogni cella mentre la seconda con overflow:scroll non aveva i bordi impostati, questo creava disallineamente tra l'altezza delle celle delle due tabelle.

Ho tolto i bordi nella prima tabelle e il risultato è perfetto in IE, Firefox e Mozilla!!

ciao e grazie