secondo me
dipende dal mime type
aruba ha impostato su winserver2003
il mimetype per gli flv molto probabilmente voi no, quindi non funziona

RISOLUZIONE

se in locale funziona e dopo l'upload on line no
devi verificare che il mime type sia settato sul tuo server

Sui server win2003
FLV files usa il FLV mime type video/x-flv
richiede che application/octet-stream subtype sia settato.

qui trovi maggiori info se va il link

http://www.adobe.com/licensing/developer/

o cmq devi fare una ricerca mime typer per flv

ma già con i miei suggerimenti dovresti risolvere