credo che il problema sia un altro...
mi spiego: se il problema fosse solo il window.opener credo che quantomeno il window.close() funzionerebbe, ma la select in A non si popolerebbe.
Invece non arriva al window.close().
Detto ciò, il window.opener dovrebbe funziare anche con IE poichè lo uso (sempre in popup) per la generazione del codice fiscale
Nel modo che dici tu.... come faccio a lanciare da B una funzione che esiste su A?