Non dai info sufficienti.
Soprattuto non si riesce a capire se il problema e` lato server o lato client. Queste domande dovrebbero aituare a circoscrivere il problema.

Quando accedi tramite IE, il contatore viene aggiornato? (accedi con FF, indi accedi con IE, e di nuov con FF: il numero aumenta di 1 o di 2 rispetto a prima?)
Quale e` il codice HTML generato dal contatore? Non e` che sia codice errato? (prova a visualizzare il codice HTML del pezzetto sia in FF che in IE)
Non e` che ci siano dei commenti condizionali (nel file generato)?