Codice PHP:
<?php
$nome 
htmlentities(strip_tags($_POST["nome"]));
$cognome htmlentities(strip_tags($_POST ["cognome"]));
$username htmlentities(strip_tags($_POST ["username"]));
$password htmlentities(strip_tags($_POST["password"]));
$mail htmlentities(strip_tags($_POST["mail"]));

if(
$nome == "")
{
    print (
"Il nome è obbligatorio
<a href=\"formregistraz.php\">indietro</a>
"
);
}
elseif(
$cognome == "")
{
    print 
"Il cognome è obbligatorio
<a href=\"formregistraz.php\">indietro</a>
"
;
}
elseif(
$username == "")
{
    print 
"L'username è obbligatorio
<a href=\"formregistraz.php\">indietro</a>
"
;
}
elseif(
$password == "")
{
    print 
"La password è obbligatoria
<a href=\"formregistraz.php\">indietro</a>
"
;
}
elseif(
$mail == "")
{
    print 
"La mail è obbligatoria
<a href=\"formregistraz.php\">indietro</a>
"
;
}
else
{
    include(
"config.php");
    
mysql_connect($db_host,$db_user,$db_password,$db_name) or die ("non riesco a connettermi");
    
mysql_select_db("$db_name") or die ("Non riesco a selezionare il database");
    
    
$sql "SELECT * FROM utenti WHERE username = '$username'";
    
$result mysql_query ($sql) or die (errore_server());
    
$n mysql_num_rows($result);

    if (
$n 0)
    {
        function 
reg_register($data)
        {
            
//registro l'utente
            
global $_CONFIG;
            
            
$id reg_get_unique_id();
            
mysql_query("
            INSERT INTO "
.$_CONFIG['table_utenti']."
            (nome, cognome, username, password, mail)
            VALUES
            ('"
.$data['nome']."','".$data['cognome']."','".$data['username']."',',MD5('".$data['password']."'),'".$data['mail']."', '".time()."','".$id."')");
        }
    }
    else
    {
        echo 
"nome utente già occupato
"
;
        echo 
"<a href=\"java-script:history.back()\">ritenta</a> con un altro username";
    }
}

echo 
"$nome";

mysql_close();
?>
Prova cosi e prova ad aggiungere degli ECHO di debug per vedere il valore della variabile $username e soprattutto prova a mettere un bel $n=0; prima dell'if cosi vedi se il problema è quel controllo del mysql_num_rows.